Заведующая говорит, что пора уходить от бумажных карт, айтишник МИС кивает, а вы считаете, во что обойдётся подпись для каждого врача. С 1 сентября 2026 года у этого разговора появилось новое основание: заработал обновлённый порядок ведения медицинской документации в форме электронных документов — приказ Минздрава России от 25.03.2026 № 209н, зарегистрированный Минюстом 22 апреля. Он заменил приказ № 947н от 07.09.2020 и рассчитан до 1 сентября 2032 года. Хорошая новость сразу: переходить никто не заставляет. Плохая — если переходите, порядок соблюдается целиком, а половина требований в нём про подписи и реестры, то есть про людей и деньги.

Что изменилось по сравнению с прежним порядком

ЧтоПриказ № 947нПриказ № 209н
Срок действияС 01.02.2021, шесть летС 01.09.2026 до 01.09.2032
Где создаётся документИнформационные системы медорганизацииЕГИСЗ названа прямо как площадка создания ЭМД
ПодписиОбщие требованияУКЭП каждого работника, создавшего документ; формат контейнера — CMS
Печать организацииАналог не был описан явноЕсли бумажный документ требовал печати — вторая подпись руководителя или уполномоченного лица
Аптеки и фармработникиУпоминались фрагментарноПорядок распространён на них прямо; бумажную копию пациент может получить и в аптеке
Регистрация в РЭМДСроки размытыВ течение одного рабочего дня со дня создания документа

Ещё одно требование звучит технически, а на практике упирается в отдел кадров: работник, подписывающий электронный медицинский документ, должен быть внесён в Федеральный регистр медицинских работников, а сама организация — в реестр медорганизаций. Врач, который вышел на работу три недели назад и до сих пор не заведён в ФРМР, электронный протокол приёма просто не подпишет.

Почему это вопрос к бухгалтеру, а не только к главврачу

Медицинская карта — не только клинический документ. Это первичка, на которой держатся две главные налоговые конструкции частной клиники.

Освобождение от НДС. Медицинские услуги не облагаются НДС по пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ, если они входят в перечень, утверждённый постановлением Правительства РФ от 20.02.2001 № 132, и у клиники есть лицензия. При споре с инспекцией доказательством служит документация: что за услуга, кому, кем оказана. Подробно разбирали в статье «НДС на медицинские услуги: как работает освобождение».

Ставка налога на прибыль 0%. По ст. 284.1 НК РФ нужны одновременно лицензия, доля медицинских доходов не менее 90%, не менее 15 работников в штате непрерывно и не менее 50% медперсонала с сертификатом специалиста или свидетельством об аккредитации — тоже непрерывно в течение налогового периода. Сведения о сертификатах и аккредитациях живут в ФРМР. Тот самый реестр, без записи в котором врач не может подписать электронный документ.

Получается редкий случай, когда наведение порядка в кадровом реестре приносит пользу дважды: документооборот начинает работать, а условие льготы становится подтверждаемым не справкой на коленке, а федеральным реестром.

Сколько это стоит и куда это относить

Считать надо три статьи: доработка или замена МИС, интеграция с ЕГИСЗ и РЭМД, электронные подписи для медработников.

Пример. Клиника, 24 сотрудника, из них 16 медработников, подписывающих документы. Подставьте свои цены — здесь для наглядности взяты условные 2000 ₽ за годовой сертификат.

СтатьяРасчётСумма за первый год
Сертификаты УКЭП для медработников16 × 2000 ₽32 000 ₽
Доработка МИС под требования порядкаЕдиновременно180 000 ₽
Интеграция и сопровождение15 000 ₽ × 12180 000 ₽
Итого392 000 ₽

Куда это относится:

  • ОСНО: программы для ЭВМ и базы данных — пп. 26 п. 1 ст. 264 НК РФ, прочие затраты — пп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ.
  • УСН «Доходы минус расходы»: права на использование программ и баз данных и их обновление — пп. 19 п. 1 ст. 346.16 НК РФ.
  • УСН «Доходы» 6%: расходы не учитываются, эти 392 000 ₽ налог не уменьшат ничем.
  • ОСНО со ставкой 0%: налог и так ноль, поэтому экономии на расходах нет. Считайте смету по полной стоимости, а не «минус налог». Та же логика подробно разобрана в статье «Санитарные правила СП 2.1.4284-26: что клинике сделать в сентябре».

Отдельный вопрос, который задают почти всегда: если клиника оплачивает сертификат подписи для врача, возникает ли у врача доход? На наш взгляд — нет. Подпись нужна для исполнения трудовых обязанностей и используется в интересах работодателя, экономической выгоды у работника здесь не возникает (ст. 41 НК РФ). Позиция рабочая, но подтвердите её внутренним документом: приказом о переходе на электронный документооборот и перечнем должностей, которым подпись нужна по работе.

Что грозит, если делать наполовину

Штрафа за «не перешли на электронные карты» нет и не будет — переход добровольный. Риски другие, и они серьёзнее.

  • Лицензионные требования. Ведение медицинской документации входит в перечень лицензионных требований по постановлению Правительства РФ от 01.06.2021 № 852. Осуществление деятельности с нарушением требований — ч. 3 ст. 14.1 КоАП РФ, грубое нарушение — ч. 4 той же статьи, где предусмотрено приостановление деятельности до 90 суток.
  • Гибрид без правил. Худший сценарий — половина документов в системе, половина на бумаге, и никто не знает, где актуальная версия. При проверке качества медпомощи или при жалобе пациента восстановить картину не удастся ни вам, ни проверяющему.
  • Налоговая сторона простоя. Приостановление деятельности обнуляет медицинскую выручку, а прочие доходы — аренда, немедицинские услуги — продолжают начисляться. Доля медицинских доходов падает, и при выходе из-под 90% налог на прибыль пересчитывается по ставке 25% с начала года, с пенями. Что при этом происходит с раздельным учётом, разбирали в статье «Раздельный учёт ОМС, ДМС и платных услуг».

Чек-лист на сентябрь

  1. Решите и зафиксируйте приказом: переходите на ЭМД, переходите частично по видам документов или остаётесь на бумаге. Устная договорённость с главврачом документом не является.
  2. Сверьте список медработников с ФРМР. Все, кто будет подписывать, должны быть в реестре с действующими сведениями о сертификате или аккредитации.
  3. Заодно посчитайте долю сертифицированного медперсонала от общей численности — это условие ставки 0% проверяется непрерывно, а не на 31 декабря.
  4. Уточните у поставщика МИС, поддерживает ли система формат подписи CMS и регистрацию в РЭМД в течение одного рабочего дня.
  5. Опишите процедуру выдачи бумажной копии пациенту: кто печатает, как проставляется отметка о подписи, кто отвечает за то, что рукописных правок на копии не появится.
  6. Заложите расходы в бюджет с учётом своего режима: на УСН «Доходы» и на ставке 0% они не уменьшат налог.

С чем поможем

Мы ведём бухгалтерию частных клиник и знаем, где документооборот упирается в налоги: бухгалтерское обслуживание медицинских клиник. Если хотите проверить, выполняются ли у вас все условия ст. 284.1 НК РФ, и не потерять льготу из-за кадрового реестра — ставка 0% по налогу на прибыль.

Ставки и нормы в статье проверены по состоянию на 1 сентября 2026 года: приказ Минздрава России от 25.03.2026 № 209н (действует с 01.09.2026 до 01.09.2032, заменил приказ от 07.09.2020 № 947н); постановления Правительства РФ от 09.02.2022 № 140, от 01.06.2021 № 852 и от 20.02.2001 № 132; ст. 41, пп. 2 п. 2 ст. 149, ст. 284.1, пп. 26 и 49 п. 1 ст. 264, пп. 19 п. 1 ст. 346.16 НК РФ; ч. 3 и ч. 4 ст. 14.1 КоАП РФ; условия ставки 0% — доля медицинских доходов не менее 90%, не менее 15 работников, не менее 50% сертифицированного медперсонала; общая ставка налога на прибыль — 25%.